Múzeum sídli v modernej dvojpodlažnej budove a oficiálne bolo otvorené v roku 2000. Jeho patrónom sa stal známy grécky archeológ Spyridon Marinatos. Bol to práve on, kto viedol výkopové práce v historicky významnej oblasti Akrotiri a múzeum vzniklo ako miesto, kde by mohli byť uložené cenné archeologické nálezy.
Väčšina nálezov v múzeu pochádza zo spomínanej archeologickej oblasti Akrotiri, ale súčasťou sú i artefakty z náleziska Potamos alebo drobné predmety z rôznych miest po celom ostrove.
Vďaka múzeu môžu jeho návštevníci získať ucelenú predstavu o vyspelom a dobre zachovanom starodávnom meste, ktorým Akrotiri bolo. Medzi najvýznamnejšie exponáty patria fresky a nástenné maľby. Práve na základe nástenných malieb prišiel Marinatos k záveru, že život obyvateľov v Akrotiri bol výrazne ovplyvnený minojskou kultúrou.
Múzeum ukrýva tiež mramorové figúrky, nástroje, keramiku a šperky. Zaujímavosťou je, že na mieste nebolo nájdených mnoho šperkov, na základe čoho vznikol predpoklad, že obyvatelia vedeli o blížiacom sa nebezpečenstve a opustili mesto ešte pred výbuchom sopky. Jej horúci popol zasypal mesto, vďaka čomu zostalo dokonale zakonzervované, až kým bolo znovu objavené v druhej polovici 20. storočia.
Zbierky mapujú históriu ostrova od neolitickej doby až do kykladského obdobia. Väčšia časť expozície je venovaná obdobiu okolo 18. a 17. storočia pred n.l., kedy bola Théra najvýznamnejším ostrovom Egejského mora.
Pokiaľ ste počas pobytu na Santorini navštívili archeologické nálezisko Akrotiri, určite nevynechajte ani návštevu múzea Prehistoric Thera, kde sa dozviete mnoho ďalších informácií o tomto významnom mieste.