Názov Gibralfaro pochádza z arabského slova “yabal¨, čo znamená hora a od gréckeho “faruh¨, teda maják. Hora, na ktorej dnes hrad stojí, pravdepodobne slúžila za čias Feničanov a Rimanov ako orientačný bod pre lode. V roku 1340 dal na tomto mieste kráľ Yusuf postaviť pevnosť. V tom čase bola pevnosť Gibralfaro najobávanejšou a najdôležitejšou pevnosťou moslimskej armády na Pyrenejskom polostrove.
V roku 1487 sa pevnosť Gibralfaro stala dejiskom krutého a krvavého obliehania, počas ktorého sa kresťanská armáda pod vedením kráľov Izabely Kastílskej a Ferdinanda Aragónskeho pokúsila vytrhnúť Málagu z rúk moslimov. Boj nakoniec skončil pre kresťanov úspešne a kráľ Ferdinand si tu po víťazstve urobil dočasné sídlo. Toto prelomové obdobie znamenalo pre Málagu začiatok dekadencie a mesto postupne začalo prosperovať až do dnešnej podoby, kedy sa stalo dôležitým centrom cestovného ruchu.