Tento najstarší chrámový komplex sa nachádza na ostrove Gozo a tvoria ho dva chrámy. Archeológovia nedokážu presne určiť, kedy boli postavené. S doterajších výskumov je však jasné, že staršia časť chrámu stála už okolo roku 3600 pred n. l.. Podľa legendy tento chrám postavila obryňa Sunsuna za jednu noc počas kojenia svojho potomka. Ďalšia z teórií sa prikláňa k názoru, chrámy postavili miestni farmári, ktorí uctievali bohyňu matku, ktorú dodnes nazývajú Tučná žena. Sošky kyprých ženských tvarov sa našli v celom Stredomorí. Malťania radi zdôrazňujú, že Ggantija Temples sú takmer o tisíc rokov staršie ako pyramídy v Egypte, a teda najstaršia zachovaná nadzemná stavba na svete. Stavbu tvoria chodby a svätyne, v ktorých sa nachádzajú oltáre.
Ggantija Tepmles boli objavené v roku 1827 a približne okolo roku 1914 sa svet dozvedel aj o chrámoch Hagar Qim pri Qrendi, Tarxien v Paole a hypogeum Hal Saflieni tiež v Paole. Neolitický chrámový komplex Tarxien predstavuje vrchol stavebnej architektúry na ostrove. Nachádzajú sa tu zachované ornamenty a reliéfy na kameňoch, špirály a vyobrazenia rôznych zvieracích motívov. Bolo tu objavené tiež torzo impozantnej sochy, pravdepodobne najväčšej Venuše. Magna Mater, ako sa socha nazýva, bola vysoká pravdepodobne až 3 metre, zachovali sa však z nej iba nohy. Torzo kolosálnej sochy, ako aj ostatné nálezy sú vystavené v Národnom múzeu vo Vallette.