Po ničivej erupcii v roku 1640 pred n. l., ktorá zničila všetok život na Santorini, zostal ostrov po mnoho storočí neobývaný. V 9. storočí pred n.l. prichádzajú na ostrov kolonisti zo Sparty, ktorí sa usadili na hore Mesa Vouno a začali tu stavať nové mesto. Vybrali si strategickú polohu vo výške, 360 m n. m., vďaka čomu k nemu nebol ľahký prístup a okolité skaly mu slúžili ako prirodzené opevnenie. Pomenovali ho Thera podľa svojho vládcu, kráľa “Therasa¨. Mesto sa postupne rozvíjalo a rástlo a stalo sa náboženským a obchodným centrom. V 4. storočí pred n. l. slúžilo ako námorná a vojenská základňa pre Egypt. Neskôr ho obsadili Rimania. Úpadok mesta prišiel v 3. storočí, kedy sa obyvatelia začali sťahovať na pobrežie ostrova, kde nachádzali pohodlnejší spôsob života.
V roku 1896 pod vedením nemeckého barona von Gaertringena začali na hore Mesa Vouno rozsiahle archeologické práce. V roku 1961 grécki archeológovia odhalili osídlenie starovekejj Thery. Boli odkryté domy, verejné budovy, ulice, kostoly, chrámy, divadlo, kúpele, premyslený vodovodný a kanalizačný systém. Artefakty dokazujú, že ostrov udržiaval obchodné vzťahy i s ďalšími kykladskými ostrovmi - Gréckom, Krétou a severnou Afrikou.
Vďaka týmto archeologickým vykopávkam bola odkrytá veľká časť Thery, ktorej pozostatky dnes môžu návštevníci obdivovať. Medzi obľúbené pozostatky z helénskeho obdobia patrí chrám sv. Dionýza. Podarilo sa objaviť aj množstvo sošiek, hlinených nádob, váz a ďalších artefaktov. Väčšina je umiestnená v Národnom archeologickom múzeu v Aténach alebo v Archeologickom múzeu Thera.